感染している根管の中をいじるので、最初は痛みが出てもおかしい事ではありません。 根管の細菌や汚れを取ることで、痛みは必ず消えていきますし、根管をいじった痛みは数日で感染部位が取り除かれれば、必ず消えます。
根の治療の痛みが続く場合、これは、 ・根管内にまだ細菌が残っている場合 ・根の先の組織に細菌が残っている場合 の２点が考えられます。 マイクロスコープ（歯科顕微鏡）下で治療した場合は、起こりえませんがこのような痛みが発生したケースは細菌を殺す必要があります。
最適なのは、抗生物質を服用するのが良いと考えられます。 実際には、数回、根管内をキレイにすれば、痛みは消失する筈です。 また、根充と言いまして、根管内に最終的なお薬を入れた場合、その刺激で、１時的に痛みが出る場合もあります。 これは、時間の経過と共にそのお薬も吸収されるので、痛みは心配する必要はありません。 感染物質さえ取り除けば理論上痛みはなくなります。
